Il Museo di Scienze Naturali ed Archeologia di Montebelluna è organizzato in due sezioni:  

a) una sezione naturalistica suddivisa in due sottosezioni: Scienze della Terra (5 sale) e Scienze della Vita (6 sale).  
b) una sezione archeologica suddivisa in due sottosezioni: preistoria-protostoria (Veneti Antichi) ed epoca romana.
c) una sezione staccata a Schievenin di Quero (BL).

Il museo è organizzato in spazi funzionali.

• Spazio espositivo permanente: sezione archeologica, sezione scienze della terra e sezione scienze della vita

• Spazio espositivo temporaneo: sezione mostre. Sala conferenze

• Centro di Documentazione.

• Quattro laboratori didattici, di cui uno strutturato come aula per scavi archeologico, archeologico antropologico e paleontologico.

• Due depositi archeologici: uno per il materiale inventariato, catalogato e in fase di studio (a disposizione di scuole ed utenti su richiesta), uno generale.

• Due depositi naturalistici: uno per il materiale inventariato, catalogato e in fase di studio (a disposizione di scuole ed utenti su richiesta), uno generale.

• Un mini laboratorio scientifico.

• Un'officina tecnica interna per la normale manutenzione.

• Un osservatorio astronomico.